中国科学院北京基因组研究所标识是由抽象的“DNA”双螺旋结构、“圆”、“中国科学院北京基因组研究所”中英文等元素所组成。抽象的“DNA”双螺旋结构体现了北京基因组研究所的内涵及特性。螺旋结构突破圆，象征开拓创新、科技兴所，加强基因组学前沿研究，引领国际、国内基因组学研究潮流。标识中的蓝色，代表着大海、科技，体现研究所充满朝气和强大科技力量；绿色，象征生命、健康，体现研究所不断探索生命的奥秘，取得更大成就。标识整体为“圆”，象征和谐、美好，寓意北京基因组研究所美好的明天。