2013年第2期Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）纸质版期刊已经出版，共发表文章7篇，包括5篇研究性文章和2篇应用说明，以蛋白质组学领域的研究为主。

在孟德尔疾病样本中，信息理论的方法已被证实能灵敏和特异地预测和定量非编码区突变。Peter Rogan博士等 (加拿大) 开发了一款扫描全基因组突变位点并准确探测到与mRNA剪切相关突变的软件，并用三个癌变细胞系验证了软件的灵敏性。

在鸟枪法蛋白质组学中，数据库搜索算法依赖于碎裂模型（fragmentation model）去预测在给定肽段序列中可观察到的片段离子。David Tabb博士等人(美国)开发的Basophile模型在计算电荷数时将片段大小和主要氨基酸的贡献加权考虑在内，能准确预测肽段序列中不同片段所带电荷。该模型通过一个有序回归方程解决预测中的问题，使得这个过程更加简便快捷，并且此程序可在鸟枪法蛋白组学鉴定中应用于任何一个数据库检索软件。

通常，使用碰撞诱导解离功能的串联质谱（CIDMS2）数据中的蛋白序列检测是通过蛋白数据库搜索（PDS）将已确定的肽离子重新比对到蛋白序列上完成的，而在CID MS2数据中找到一个目标肽段序列大多离不开人工的估算。Igor Chernukhin博士（英国）开发了一种简洁的跨平台且不依赖于数据库的肽段MS2模式匹配实用工具——pepgrep,将各种翻译后修饰（PTM）引起的数十种质量偏差整合到算法中，并使用了诱饵肽序列以减少假阳性结果。同时，使用这种方法我们可以在CID质谱中发现PDS算法错过的新肽段。该工具使用方便，可在http://bsproteomics.essex.ac.uk:8080/data/download/pepgrep-1.4.tgz.免费下载。

NXS/T基序（X是除脯氨酸外的任意氨基酸）是糖基化的一致基序。大量的高分辨率糖基化蛋白晶体结构使科研工作者进行N-糖基化位点结构分析。Raja Mazumder博士等人(美国)开发了一款基于Python语言的工具SFAT对人，小鼠，果蝇，拟南芥和酿酒酵母五个物种的N-糖基化的天冬酰胺进行分析，并把分析数据放在网站上供免费下载（http://hive.biochemistry.gwu.edu/tools/sfat）。同时Raja Mazumder还在本期发表了一篇应用说明介绍了他们新开发的页面工具SNVDis。SNVDis可在全蛋白质组水平上分析和预测功能位点、结构域和通路上的非同义单核苷酸突变(nsSNV)，其基本数据每三个月更新一次，SNVDis可在http://hive.biochemistry.gwu.edu/tool/snvdis免费使用。

肝脏和胰腺的慢性炎症均与纤维化有关。证据表明器官特异性星形细胞参与这两个器官的调节。Paulo和Steen博士等人领导的研究组(美国)使用质谱蛋白质组学分析了人肝星状细胞（hHSC）的蛋白质组和人胰腺星状细胞（hPaSC）来探讨病理生理机制。研究对1222个的蛋白质进行量化，统计分析确定177种蛋白在hHSC丰度较高，而157种在hPaSC高丰度表达。GO分类表明，hHSC中具相对高丰度的蛋白质主要与蛋白质合成有关，而那些在hPaSC中相对丰度较高的蛋白参与了细胞的结构组成。

过去几十年中，人们在蛋白质的氨基酸序列如何形成三维结构执行特定功能方面进行了大量研究。在非冗余序列数据库进行的子序列研究为理解蛋白序列和功能之间的关系提供了宝贵线索。Selvaraj博士等人（印度）在前期研究的基础上对八肽片段的反向序列结构进行了分析。研究发现含有相同反向八肽序列的蛋白含量并不丰富，八肽中的氨基酸对蛋白的稳定关系不大。此外，相同的反向八肽并没有呈现出一致的物理和几何特性。

GPB将在今年6月出版“基因调控网络”专刊。另外，下半年出版的“诱导多能干细胞”的专刊，由中科院动物所的周琪博士担任Guest editor，目前在征集来稿。欢迎大家积极投稿，详情请查看Call for paper。

以上文章全文可在GPB主页（http://www.elsevier.com/locate/gpb）或ScienceDirect数据库（www.sciencedirect.com/science/journal/16720229）中浏览下载，欢迎大家阅读、引用。

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