舟山医院，创建于1954年，系国家三级乙等综合性医院。拥有固定资产2.57亿元，实际开放床位760张，开设了17个病区，60个专科门诊；拥有省、市、局级医学重点学科8个，院级重点专科5个。医院建有细胞分子生物实验室、血液病实验室和骨科实验室。医院现有在职职工总人数906人，拥有正高职称29人，副高职称102人，博士及博士后8人，硕士研究生43人，本科249人。享有国家级特殊津贴2人，省级名老中医1人，硕士生导师5人，有省、市、局级重点学科带头人8人。医院坚持以科教为先导，着眼高新科技项目的开发并应用于临床，依靠科技创新有效提升医院核心竞争力。近5年在省、市各部门立项的科研课题共58项，市政府以上获奖30项。其中《鳀鱼资源高值化开发利用的研究》获2008年浙江省科学技术三等奖，《中国东部海岛HBV基因型与肝炎损伤程度及抗病毒治疗的相关性研究》获2008年浙江省卫生厅医药卫生科技进步二等奖，《海岛肺癌流行病学调查研究》获2008年舟山市政府科技进步二等奖。近5年开展新技术新项目486余项，拥有国家发明专利1项。

 中国科学院基因组科学与信息重点实验室成立于2006年，实验室以基因组生物学研究、生物信息学研究、基因组系统研究与应用为主要研究方向，面向国家战略需求和世界科学前沿，着眼重大基础科学问题，坚持科学发现的原创性、强调学科建设的前瞻性、以规模化基因组生物学技术和研究为出发点，运用生物信息学手段和方法，以海量数据的产出和处理为标志，建立和维护具有我国自己原创性工作的专项数据库，系统研究基因组生物学各个分子层面的概念和信息，实现“数据-信息-知识”的有效获取、转化和利用。通过遗传与人类疾病和健康，多系统生物学，和系统生物信息学研究，为解决人类健康、农业发展、生态环境和新型能源等重大生命科学和技术问题，推动中国的基因组学研究与应用，为生命科学、生物技术和生物医药产业发展提供原动力和基本保障。

为了充分发挥双方学术优势，整合双方优势资源，建立完善的医学免疫基因组学研究体系，努力推动我国免疫基因组学发展和科技成果转化，中科院北京基因组研究所与舟山医院联合成立“中科院北京基因组所－舟山医院免疫基因组学联合实验室”。利用基因组学和免疫学研究方法和技术手段，研究舟山地区的多发病、常见病和特色病，包括“三高”（高血压、高血脂、高血尿酸）、“三腺”（甲状腺、乳腺、前列腺）、“三K”（肺癌、胃癌、肝癌）等在内的临床疾病的基础与临床研究。协助舟山医院（联合实验室）建设基因组学技术平台、蛋白组学技术平台、细胞生物学技术平台、生物信息学平台及临床样本保存平台和平台相关技术人员的培训。双方结合各自的优势完成联合实验室项目的研究工作，并以研究进展作为基础，共同进行国家相关课题资助的申请、科研成果及奖项的鉴定和申报，以推动进一步的合作研究。

联合实验室现任主任为：于军研究员（中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任）和张永奎教授（舟山医院院长）。