为了激励研究生勤奋学习，创新进取，发现和奖励优秀年轻人才，促进我国科学事业的发展，特设立中国科学院院长奖。中国科学院院长奖分为院长特别奖和院长优秀奖两种。每年设特别奖50名，奖励额度5000元人民币/人；优秀奖300名，奖励额度2000元人民币/人。
我所获此奖项的学生：
| 序号 | 年度 | 学生 | 等级 | 专业 | 导师 |
| 1 | 2006 | 胡少晖 | 优秀奖 | 遗传学 | 杨焕明 |
| 2 | 2006 | 陈晨 | 优秀奖 | 遗传学 | 王俊 |
| 3 | 2008 | 高扬 | 优秀奖 | 遗传学 | 曾长青 |
| 4 | 2009 | 朱江 | 优秀奖 | 遗传学 | 于军 |
| 5 | 2011 | 王瑜 | 优秀奖 | 基因组学 | 吴仲义 |
| 6 | 2011 | 王大鹏 | 优秀奖 | 生物信息学 | 于军 |
| 7 | 2012 | 赵旭 | 优秀奖 | 生物化学与分子生物学 | 杨运桂 |
| 8 | 2013 | 蒋岚 | 特别奖 | 基因组学 | 吴仲义、刘江 |
| 9 | 2013 | 李明明 | 优秀奖 | 生物化学与分子生物学 | 杨运桂 |
| 10 | 2013 | 胡政 | 优秀奖 | 遗传学 | 吴仲义 |
| 11 | 2014 | 李国强 | 优秀奖 | 基因组学 | 刘江 |
| 12 | 2015 | 王璐 | 特别奖 | 基因组学 | 刘江 |
| 13 | 2015 | 郝亚娟 | 优秀奖 | 生物化学与分子生物学 | 杨运桂 |
| 14 | 2016 | 肖文 | 优秀奖 | 生物化学与分子生物学 | 杨运桂 |
| 15 | 2017 | 杨鑫 | 优秀奖 | 基因组学 | 杨运桂 |
| 16 | 2018 | 陈宇晟 | 特别奖 | 生物化学与分子生物学 | 杨运桂 |
| 17 | 2018 | 卜佳晨 | 优秀奖 | 生物信息学 | 王前飞 |
